Japánban Xavéri Szent Ferenc kezdte meg a hittérítést. Ő maga nem sok eredményt láthatott, de a következő évtizedekben seregestől tértek meg az emberek, és 1587-ben már mintegy 250.000 lelket számláló katolikus közösség élt Japánban Nagasaki központtal. De éppen ebben az esztendőben az ország ura, Toyotomi Hideyosi (1582--1598), aki korábban elnéző volt a keresztényekkel szemben, a kudarcba fulladt koreai háború miatt ellenük fordult: a jezsuitákat kiutasította az országból. Rendelkezését azonban nem vették szigorúan, így néhány jezsuita eltávozott, a többség viszont helyben maradt és titokban tovább folytatta a térítést.
