Legkorábban a 12. században, de a 13. századi tatárjárás idején már mindenképpen állt templom a csíksomlyói Szent Péter és Pál plébániatemplom helyén, így ha nem is a Csíki-medence legrégebbi istenháza, de a legrégibbek közé tartozik az, amelynek alapjait a mostani templomon belül feltárták a régészek. A régészeti feltárás és a gombátlanítás után a helyreállítás következik.
Bár írásos emlék csak a 14. századból maradt ránk, 12. és 13. századi templomaink bizonyítják, hogy az Árpád-kor idején már kiépített templomhálózat és faluhálózat volt ezen a vidéken – mondta a csíksomlyói plébániatemplom helyreállítási munkálatai kapcsán tartott sajtótájékoztatón Botár István régész. A Szent Péter és Pál plébániatemplom régészeti feltárását 2002–2005 között a templom északnyugati fala mentén végezték el, a mostani munkálatok során a késő középkori templom szélességét és hosszúságát is meg tudták határozni, és feltárták a szentélyt is.
A gombátlanítás során kihordott töltésből most a faragott köveket és a téglabordákat, boltozati darabokat mentették. A templom felújítása során az ásatások eredményeit bemutatják, a régi templom alapfalai láthatók maradnak. „Mintha a mostani templom ölében tartaná majd nagyapját” – fogalmazott Botár István. A 2000-es évek első felében végzett ásatás során 80 sírt tártak fel a templomban, a helyenként besüllyedt régi téglapadló azonban utal arra, hogy még nagyon sok – a szakember szerint legalább ezer – sírt rejt a templom. Ezeknek feltárását későbbi korok kutatóira hagyják.
A gombátlanítás elkezdésekor azt hitték, lokális fertőzésről van szó, de hamarosan kiderült, a déli fal kivételével gyakorlatilag az egész templom fertőzött. Így nem csoda, hogy 370- 380 köbméter fertőzött töltésanyagot hordtak ki a templomból, 1800-2000 liter védőszert használtak el a falak, 400-500 litert pedig a padlózat fertőtlenítésére. Ezeket az adatokat már Babos Rezső, a fertőtlenítést vezető faanyagvédelmi szakértő mondja. A fertőzés gyökere a padlózatban volt, annak idején a fertőzött faanyagot új deszkával borították, ami további táptalajt adott a gombának. A helyreállítás során szigetelnek, majd vegyszerrel kezelt, szerves anyagoktól mentes töltésanyagot hordanak be, a padló pedig kőburkolatot kap. Minderre azért van szükség, hogy ha esetleg maradt a falakban élő gomba, az ne kapjon semmilyen táplálékot, és ezáltal megakadályozzák az újrafertőzést.
A helyreállítással kapcsolatban Tövissy Zsolt műépítész elmondta, kavicságyba helyezett kőlapok képezik majd a padlót, a köveken pedig színnel vagy felületkezeléssel grafikusan ábrázolják a középkori templom alapfalainak helyét. Helyenként a több száz évvel ezelőtti templom alapfalai fölé többrétegű üveglap kerül, láthatóvá téve az egykori templom lenyomatát. „Egyensúlyt kell teremteni a régit bemutató didaktikus részek és a funkcionális rész között, harmonikussá, működőképessé kell tenni a templomot” – hangsúlyozta az építész.
Ki kell javítani a Szent Péter és Pál plébániatemplom tetőszerkezeti hibáit is, el kell tüntetni a boltozatok repedéseit – folytatta Tövissy Zsolt. „El kell gondolkozni azon, hogy a templombelső 1911-es festését, amely szobafestő technikával készült, megéri-e helyrehozni, vagy helyenként azt is konzerválva bemutatni, az egész templomot viszont világosabbá tenni a festés révén. A színes üvegablakok minimális beavatkozást igényelnek, az épület világítását azonban teljes egészében korszerűsíteni kell, hogy biztonságos és a liturgikus igényeknek megfelelő legyen. A templom körüli tereprendezést, az udvar víztelenítését már úgy kell elvégezni, hogy az az épület állagának megőrzését szolgálja, de a látogató számára láthatatlan maradjon” – tette hozzá a vezető építész.